Natürlich ... so einfach.
Antworten:
$cert.Import($certGetList + "\" + $_)
Irgendwie verliert es den Ursprung des Objekts und versucht, die relative Datei lokal zu finden, anstatt auf der Netzwerkfreigabe. Ich musste es explizit für jede Iteration auf die Netzwerkfreigabe lenken.