Das scheint für mich (bei Lion) zu funktionieren:
sudo ./xcode-select -switch /Applications/Xcode.app
Es hängt davon ab, wo der Xcode installiert ist. Früher wurde es in installiert, /Developer
aber jetzt wird es vom App Store aus /Applications
wie alle anderen in dem Ordner installiert .
Und ja, es handelt sich um einen Integrationsfehler, bei dem jede Anwendung davon ausgeht, dass die andere dafür verantwortlich ist und letztendlich keiner.