Sie können Metadaten mit folgendem Befehl sichern:
ffmpeg -i in.mov -f ffmetadata metadata.txt
Sie können Metadaten mit etwas importieren (habe dies noch nie versucht):
ffmpeg -i in.mov -i metadata.txt -map_metadata 1 -c:a copy -id3v2_version 3
Quelle: http://jonhall.info/how_to/create_id3_tags_using_ffmpeg