Diese Frage ist zwar veraltet: ManicTime hat einen Plugin-Manager mit Version 3.1 hinzugefügt. Dieses enthält auch ein Visual Studio-Plugin (außer vielen anderen), das den Dateipfad in der Dokument-Zeitleiste verfolgt, der genau Ihren Vorstellungen entsprechen sollte.
Das Plugin sollte auch in früheren Versionen vorhanden sein, konnte ich aber seitdem nicht herausfinden.