Seit die letzte Version von LAME 2011 veröffentlicht wurde, ist wahrscheinlich ein Fehler aufgetreten, der nur bei langem Material auftritt - möglicherweise ein Problem mit der Speicherzuordnung.
Wenn etwas in der Datei selbst nicht fehlerhaft ist, würde ich ffmpeg herunterladen und damit den Job erledigen:
ffmpeg -i input.mp3 output.wav