Es besteht kein Risiko. Je nachdem, über welche Kappen Sie sprechen, werden sie während des Betriebs der Platine entweder a) ständig ständig aufgeladen und teilweise viele Zehntausende Male pro Sekunde entladen, oder b) sie bleiben fast immer in der Nähe der Ladung. Dass sie beim Einschalten bereits teilweise aufgeladen sein könnten, auch wenn das Einschalten sofort nach dem Ausschalten erfolgt, ist überhaupt kein Problem.
Die Einschaltverzögerung, die Sie erfahren haben, war sehr viel eher auf den Zustand der Stromversorgung zurückzuführen. Auf der Hauptplatine passiert sowieso nichts. Sie müssen sich auch keine Sorgen über den Zustand der Kappen in der Stromversorgung machen, es sei denn, Sie zerlegen sie.