Die Gefahr besteht darin, dass eine chemische Reaktion zwischen den Komponenten der Markertinte und der Oberfläche der Diskette auftritt. Einige "permanente" Marker sind ziemlich aggressiv, und obwohl der Schaden nicht unmittelbar auftritt, kann er im Laufe der Zeit auftreten. Der Rat für Bibliotheks- und Informationsressourcen sagt in ihrem Bericht :
Zahlreiche CD-Hersteller haben festgestellt, dass sich die dünne Schutzlackschicht bei Kontakt mit bestimmten Lösungsmitteln in Markern verschlechtern kann. Um das Risiko zu vermeiden, werden Markierungen auf Wasserbasis für die CD-Kennzeichnung empfohlen. Als Lösungsmittel ist Alkohol im Allgemeinen weniger schädlich als Xylol und Toluol, die in Markern auf Basis aromatischer Lösungsmittel üblich sind. Anekdotenberichten zufolge können alkoholbasierte Marker verwendet werden, um CDs ohne Leistungsprobleme zu kennzeichnen. Es gibt jedoch keine expliziten Labortestergebnisse, aus denen hervorgeht, welche Auswirkungen Lösungsmittel in Markern auf verschiedene CDs oder DVDs haben, insbesondere auf lange Sicht.
In Bezug auf Sharpie-Markierungen heißt es in Sharpies FAQ :
Newell Rubbermaid verwendet seit Jahren Sharpie-Marker auf CDs, und wir hatten noch nie ein Problem. Wir glauben nicht, dass die Sharpie-Tinte diese CDs beeinflussen kann. Wir haben jedoch keine Langzeittests im Labor durchgeführt, um dies zu überprüfen. Wir haben mit vielen großen CD-Herstellern über dieses Problem gesprochen. Sie verwenden die Sharpie-Marker auch intern auf CDs und glauben nicht, dass die Sharpie-Tinte ihre Produkte schädigen kann.