Partitionen haben eigentlich keinen freien / belegten Speicherplatz, Dateisysteme dagegen. Wenn Ihr Imaging-Tool ein bestimmtes Dateisystem erkennt und unterstützt, kann es seine Größe ändern.
Ich bin mir ziemlich sicher, dass Clonezilla mindestens Unterstützung für ext *, fat und ntfs size hat.
Siehe die Option zur Größenänderung von Experten.
http://clonezilla.org/clonezilla-live/doc/03_Disk_to_disk_clone/advanced/05-advanced-param.php