Ich kann mich auf anderen SE-Standorten an einige Antworten erinnern. Dies und das .
tl; dr: Es ist wirklich sehr schwierig, sicher zu sein. Über die Website selbst, statische Analyse und die Installation einer bekannten, (Code) überprüften Version der Website könnte hilfreich sein. Über den Server selbst, das Aufrufen und Installieren von bekannten Quellen ist der einzige Weg, um zu 100% sicher zu sein.
Beim nächsten Mal gewähren Sie bitte niemandem mehr Privilegien als das absolute Minimum. Wahrscheinlich haben Sie damals Zeit gespart, aber es kam zurück, um Sie zu beißen, so dass Sie am Ende viel mehr ausgeben.