Ich denke, der Grund für die Konfiguration aller Zertifikate der zwischengeordneten CAs ist folgender.
Nehmen wir für Argumente an, dass nur das Zertifikat der Stammzertifizierungsstelle in der Vertrauenskette vorhanden sein muss.
Der Client kann dann allen von der Stammzertifizierungsstelle signierten Zertifikaten sowie jeder anderen zwischengeschalteten Zertifizierungsstelle vertrauen, deren Zertifikat von der Stammzertifizierungsstelle (oder von einer anderen Zwischenzertifizierungsstelle, die ein von der Stammzertifizierungsstelle signiertes Zertifikat besitzt) signiert wird.
Wenn nun der private Schlüssel der Zwischenzertifizierungsstelle aus irgendeinem Grund gefährdet ist, wäre dies ein Problem.
Durch die Konfiguration der Zwischenzertifizierungsstellen im Vertrauensspeicher erklärt der Client also, dass er den von ihm signierten Zertifikaten vertraut, und sein privater Schlüssel ist nicht gefährdet.
Natürlich gibt es CRLs, aber das ist ein Unterthema