Zunächst ein Begriff der Terminologie: Ein Konturdiagramm ist ein Diagramm, das Isolinien (auch als Isokonturen bezeichnet) einer Skalarfunktion von zwei Variablen zeigt. Sie fragen also, wie Sie kein Konturdiagramm erstellen, sondern eine Farbkarte (oder Heatmap). Dann gibt es noch die Frage, wie Ihre Daten dargestellt und gerastert werden. Sie haben Recht, dass das matrix
Format von gnuplot nur für Daten in einem regulären Raster geeignet ist.
Wenn Ihre Datendatei Polygonecken in X-, Y- und Z-Koordinaten definiert, würde ich Folgendes tun:
set view map set pm3d interpolate 10,10 corners2color mean splot "res.gdat" notitle with pm3d