Mit dem folgenden Befehl gnuplot können Sie Etiketten mit einem bestimmten Abstand von den Punkten einfügen:
echo "plot 'file.dat' using 2:3 pt 2 notitle, '' using 2:3:1 with labels offset 0.5,0.5 notitle;" | gnuplot -persist
Anmerkung: funktioniert nur, wenn gnuplot mit --enable-datastrings kompiliert wurde (danke an DaveParillo für die Klarstellung)