Ich hatte die gleichen Symptome. In meinem Fall war es eine defekte Installation von m4 (von macports zurückgelassen und vor dem System m4 in meinem PFAD). flex ruft m4 hinter den kulissen auf. Wenn m4 ohne Ausgabe abstürzt, wird Flex einfach ohne Fehlermeldung beendet.
Prüfen Sie, ob der Aufruf von m4 über die Befehlszeile funktioniert. Wenn nicht, da ist dein Täter.