Für das, was es wert ist, habe ich eine fast identische Anforderung: flac für das Abhören auf meinem Desktop, die ogg-Dateien werden mit meinem Telefon synchronisiert.
Als ich zuerst alle CDs gerippt habe, habe ich die flac-Dateien in Unterordnern abgelegt <albumname>/flac
. In foobar2000 stelle ich einfach "flac" einer Suchabfrage voran.
Es ist nicht ideal, aber nachdem ich die Dokumente gelesen habe, glaube ich nicht, dass es eine Möglichkeit gibt, das Verhalten "bevorzugen flac und entfernen von Duplikaten" anzugeben.