Dieser Beitrag scheint die Antwort zu haben: "FFMpeg-Versionen nach dem 15. Januar 2015 zeigen häufig diese Warnung an. Sie wurde hinzugefügt, um vor einer möglichen Verzerrung der Rate Control zu warnen, andernfalls verursacht sie keinen Schaden."
Es scheint ausgelöst zu werden, wenn "die Darstellungszeit (pts) im Eingabestrom sich von der im Ausgabestrom um mehr als eine festgelegte Grenze von 0,6 unterscheidet".