Ich hatte das gleiche Problem.
Das Installieren dieser Version hat es für mich gelöst:
add-apt-repository ppa:terry.guo/gcc-arm-embedded sudo apt-get update apt-get install gcc-arm-none-eabi=4.9.3.2015q3-1trusty1
Diese Lösung wurde im Ardupilot-Forum http://discuss.ardupilot.org/t/using-bash-on-windows-for-ardupilot-development/8604/7 gefunden