Ja. Windows Defender schützt vor Adware und Spyware, während MSE all dies und noch mehr tut (Schutz vor Viren, Rootkits usw.).
MSE deaktiviert Windows Defender tatsächlich, um den Echtzeitschutz Ihres PCs zu verwalten. Auch auf der Wikipedia-Seite zu Security Essentials:
Microsoft Security Essentials (MSE) (früher unter dem Codenamen Morro) ist eine kostenlose, von Microsoft erstellte Antivirensoftware, die Schutz vor Viren, Spyware, Rootkits und Trojanern für Windows XP, Vista und 7 bietet.
MSE ersetzt Windows Live OneCare - einen Abonnement-Antivirus-Dienst - und Windows Defender, der nur Benutzer vor Adware und Spyware schützt.