Einstellungen werden in einer Datei mit dem Namen gespeichert KeePass.config.xml. Bei tragbaren Installationen befindet sich die Datei normalerweise im selben Verzeichnis wie KeePass.exe.
KeePass unterstützt mehrere Speicherorte zum Speichern von Konfigurationsinformationen: Die globale Konfigurationsdatei im KeePass-Anwendungsverzeichnis, eine lokale benutzerabhängige im privaten Konfigurationsordner des Benutzers und eine erzwungene Konfigurationsdatei im KeePass-Anwendungsverzeichnis. Die erste heißt global, da jeder, der diese KeePass-Installation verwendet, in dieselbe Konfigurationsdatei schreibt (und möglicherweise die Einstellungen anderer Benutzer überschreibt). Die zweite wird als lokal bezeichnet, da Änderungen an dieser Konfigurationsdatei nur den aktuellen Benutzer betreffen.