Die einzige Lösung, die ich dafür gefunden habe, ist die Installation der Desktopversion von OneNote (derjenigen, die mit Office 2016 geliefert wird).
In dieser Version ist es möglich, dieses Verhalten in den erweiterten Eigenschaften (Erweitert -> Stift) zu ändern und die Option "Automatisch zwischen Einfärben, Auswählen, ..." zu deaktivieren.