Der Grund ist, dass es keine offensichtlichen Fehler in der NTFS-Partition gab. Wahrscheinlich etwas damit zu tun, dass Windows den FS nicht richtig schließt.
Nach dem Formatieren dieser Partition zu ext3 scheint es kein Problem mehr zu geben.
chkdsk
von Windows nicht behoben die Fehler. Auch ntfsfix
von Linux nicht.