Neben GNOME Keyring und KWallet verfügt Chrome auch über eine integrierte (SQLite-basierte) unverschlüsselte Datenbank, die verwendet wird, wenn sowohl Keyring als auch KWallet unbrauchbar sind. (Dazu gehört anscheinend, dass der Schlüsselring lediglich gesperrt ist ...)
Da Sie die Synchronisierung aktiviert haben, lädt Chrome lediglich alle Kennwörter erneut vom Sync-Server herunter, diesmal in der internen Datenbank.
Die Verwendung --password-store=gnome
könnte dies vermeiden. (OTOH, der interne Speicher ist viel schneller.)