Wenn die Dateien einwandfrei abgespielt werden, müssen Sie sich keine Sorgen machen.
Dies bedeutet, dass in der Eingabedatei die den Samples zugeordneten Zeitmarken nicht monoton ansteigen. Das sollte nicht der Fall sein, aber ich denke, dass ffmpeg diese Probleme normalerweise alleine beheben wird.
Wenn Sie eine veraltete ffmpeg-Version verwenden, kann das Aktualisieren auf eine neuere Version dazu beitragen, diese Probleme zu lösen, falls es sich um ein Problem mit dem Decoder und nicht mit den tatsächlichen Eingabedateien handelt.