Ich würde für Framemaker gehen.
Es bietet weitaus bessere Unterstützung für Referenzen, Indizes und Inhaltsverzeichnis. Das ist sicherlich auch in InDesign möglich, aber mit Framemaker ist es viel einfacher.
InDesign eignet sich für "kreative" Dokumente wie Zeitschriften, Zeitungen oder Bücher. Der Hauptzweck von Framemaker sind technische Dokumente wie die von Ihnen beschriebenen.