Nein, es gibt keine Möglichkeit, in einem Magnet-Link anzugeben, zu welcher Schicht ein Tracker hinzugefügt wird.
Die BitTorrent-Protokollspezifikation enthält keine Angaben dazu.
Es liegt also am Implementierer eines Clients, zu entscheiden, wie er ausgeführt wird.
Wie Sie bemerkt haben, fügt die Sintflut alle Tracker zu Stufe-0 hinzu.
Andere Clients, zum Beispiel: µtorrent, fügt jeden Tracker in einer eigenen, separaten Schicht hinzu.