Anwendungen selbst setzen das Symbol und müssen nicht auf dem GTK-Theme basieren. Firefox beispielsweise kodiert das Icon-Image fest. Einige Anwendungen ermöglichen die Bereitstellung in ihren RC-Dateien.
Für Zathura können Sie ~ / .config / zathura / zathurarc ändern
set window-icon /full/path/to/image
Für Termite können Sie ~ / .config / termite / config ändern
[options] ... icon_name = terminal ...
Es gibt auch dieses schöne Tool namens xseticon