Fand es heraus: Nur die Hypersonic DB-Datei 1 muss auf die neue Maschine kopiert werden (in diesem Fall laufen die alte Maschine funambol 9 und die neue funambol 10):
$FUNAMBOLHOME/tools/hypersonic/data/funambol.script
1 Technisch gesehen handelt es sich nicht um eine DB-Datei, sondern um eine Sammlung von SQL-Befehlen, um den letzten Status der Datenbank wiederherzustellen, da Hypersonic eine In-Memory-DB ist