Dies ist kein Fehler. Möglicherweise ist das eine Art Umstellung der Standardfarben, aber kein Fehler. Ich sehe, dass Sie Aptana 3 unter Windows verwenden. Warum ändern Sie nicht einfach das Thema?
Window -> Preferences -> Aptana -> Themes
Wählen Sie ein anderes Thema wie Aptana Studio 2.x oder passen Sie die Farben für dieses Thema an.