Das Töten von Puffern und das Beenden Ihres Emacs-Frames sind völlig unabhängig, wie Sie es erwähnen: Der Server hält alles, was Sie nicht schließen, unabhängig davon, was Sie in wie vielen Fenstern anzeigen. (Ich habe oft die gleichen Puffer auf 2 oder 3 meiner virtuellen Desktops geöffnet, zum Beispiel nicht an derselben Stelle.)
Einen Puffer zu töten, das ist es C-x k.