Das Problem bei modernen Prozessoren ist, dass sie tatsächlich "drosseln", wenn sie nicht stark beansprucht werden, um Energie zu sparen. Ein im Leerlauf arbeitender Prozessor, der mit maximal 2,8 GHz arbeitet, kann sich selbst bei 800 MHz (oder ähnlichem YMMV) unterbinden, um sowohl Wärme als auch Strom zu sparen.
Was Sie mit den "verschwendeten" CPU-Zyklen tun, ist lediglich der Zweck dieser Energiesparfunktionen.
Es sei denn, Sie möchten tatsächlich zum wissenschaftlichen Fortschritt beitragen. In diesem Fall sollten Sie sich BOINC ansehen, in der eine große Anzahl verteilter Computerprojekte basiert und alle mit einer einzigen Clientanwendung (einschließlich SETI @ home) ausgeführt werden.