Hier wird https://unix.stackexchange.com/questions/64191/how-do-the-internals-of-the-cron-daemon-work (am Beispiel von cron) erklärt, wie man ein Programm implementieren könnte macht etwas alle X Sekunden / Minuten. Dies geschieht ähnlich wie bei Ihrem Ansatz.
Wenn Ihre Frage war, wie die CPU die aktuelle Uhrzeit kennt: Normalerweise befindet sich auf dem Mainboard eine Hardware-Uhr, die auf dieselbe Weise arbeitet wie eine herkömmliche Quarz-Armbanduhr, die mit der CPU kommunizieren kann. Die CPU kann diese Uhr alle Millisekunden oder was auch immer nach der genauen Uhrzeit fragen. Aus diesem Grund befindet sich normalerweise eine Knopfzellenbatterie auf dem Mainboard: Damit die Hardware-Uhr läuft.