Laut der Manpage für ls:
List information about the FILEs (the current directory by default).
ls
soll die Größe der Dateien im Dateisystem anzeigen, nicht die Verwendung eines Verzeichnisses. du
zeigt die Gesamtnutzung eines Dateisystemobjekts an.
Also ls
tun, was es tun soll. Während Ihr Applications-Verzeichnis Dateien enthalten kann, die mehr als 3.8K verwenden, ist das Applications-Verzeichnis selbst nur 3.8K auf der Festplatte.