Tl; dr: Ich hatte meine Festplatten an die falschen SATA-Ports angeschlossen. Ich brauchte die SSD mit Windows, um als Laufwerk 0 angezeigt zu werden (durch physisches Anschließen an Port # 0).
Alles scheint jetzt zu funktionieren.
Zeit für ein Windows 10-Upgrade ...
Warum dies funktioniert: Nicht 100% sicher, aber es scheint, dass Windows 7 nur das erste Laufwerk prüft, das in bestimmten Situationen entdeckt wird (z. B. das Startregister von msconfig, das Ausführen von bcdedit in CMD usw.), obwohl es von einem Ausgang aus booten kann -von-Ordnung-Laufwerk gut.