Zumindest mit einer älteren Version um 2013 (3.1.0.0) wurde den Benutzern empfohlen, den vom Programm verwendeten Splitter zu ändern.
Einstellungen (F2) -> Splitter -> Registerkarte Allgemein und Auswahl von MP4, MOV -> Gabest-Splitter (oder einem anderen, aber nicht dem Standard).
Die Lösung ist wie hier beschrieben: http://forums.kmplayer.com/forums/showthread.php?t=24676&highlight=m4a