Ich nehme an, Sie haben das Kontextmenü auf Ihrem Desktop geöffnet und "Git-Repository hier erstellen ..." ausgewählt.
TortoiseGit macht den aktuellen Ordner zu einem Arbeitsbaum, während TortoiseSVN einen neuen Ordner erstellt und das neue Repository in diesen Ordner legt. Erstellen Sie deshalb zuerst einen leeren Ordner und dort ein Repository.
Sie können dies beheben, indem Sie das Git- .git
Verzeichnis löschen (möglicherweise ausgeblendet).