Der beste Weg, um damit umzugehen, ist die Änderung der Namen der Javascript-Dateien bei jeder Änderung. Dann ist es egal, ob sie zwischengespeichert werden. Alternativ können Sie einen Filter erstellen, um den Cache-Steuerungsheader festzulegen.
Ich habe solche Fragen zu stackoverflow und serverfault gesehen - es wäre eine gute Idee, dort zu suchen. Scheint eher für diese Seiten geeignet.