Bearbeiten: Meine ursprüngliche Antwort war falsch und arbeitete als Zufall. Kamils nachfolgender Kommentar veranlasste mich, es noch einmal zu überdenken.
Die folgenden Befehle funktionieren für mich, einschließlich Pfade mit Leerzeichen.
bind-key . run -b 'tmux rename-window "`basename \"#\"`"'
oder
bind-key . run -b 'NEWNAME="#"; tmux rename-window "$"'