Es scheint, dass Thunderbird standardmäßig nicht automatisch Junk- oder Papierkorbordner synchronisiert (getestete aktuelle Stable- und Betaversionen unter Windows 10). Die Lösung bestand darin, Junk-Ordner in die Einstellungen für die Nachrichtensynchronisierung aufzunehmen (Einstellungen für die Offline-Verwendung).
Extras> Kontoeinstellungen> Synchronisierung und Speicherung> Erweitert> Junk-Ordner auswählen.