Thunderbird kennzeichnet sie intern als gelesen, es wird lediglich vom Server ignoriert.
Bei POP3 gibt es keine Möglichkeit, den Server über den lokalen Status zu informieren (Lesen / Löschen / etc). Es kann nur in eine Richtung gehen - vom Server zum Computer. Der Server kann es nicht einmal wissen.
Grundsätzlich ist alles, was POP3 tun kann: Anzahl der Nachrichten abrufen; eine Liste der Nachrichtengrößen abrufen; eine Nachricht herunterladen; Eine Nachricht vom Server löschen.
(Einige POP3-Server kennzeichnen Nachrichten als lesenseitig, wenn Sie sie über POP3 herunterladen. Dies ist jedoch nicht sehr zuverlässig und viele mögen das nicht.)
IMAP4 (das Sie mit Gmail verwenden) kann noch viel mehr - Ordner, nur Kopfzeilen herunterladen, suchen, manchmal sogar gemeinsame Posteingänge.