Es ist definitiv möglich und nicht zu schwer, den Sunrise Commander und Tramp (der standardmäßig in allen GNU Emacs-Distributionen, AFAIK enthalten ist) einzusetzen.
Werfen Sie einen Blick hier für Tipps, wie Verzeichnisse in SC zu vergleichen, entweder oberflächlich oder rekursiv . Wenn Sie die Einträge in den einzelnen Verzeichnissen unterschiedlich haben, können Sie sie bei jeder gewünschten Operation anwenden.