Ein Benutzer schreibt also das Löschen von Dateien zusammen mit anderen gültigen Änderungen vor und behauptet dann, dass die Datei durch eine magische und unsichtbare Kraft auf seinem Dateisystem entfernt wurde.
Ich sehe hier zwei Optionen: Entweder der Benutzer entfernt die Datei oder eine andere Anwendung greift ein und entfernt die Datei im Hintergrund. svn delete
Kann nicht von selbst passieren, da eine Datei nicht magisch auf dem Dateisystem entfernt werden kann.
Wenn sich die Situation wiederholt, schlage ich vor, noch einmal zu prüfen, ob Antivirenprogramme oder andere Anwendungen automatisch Dateien aus der Arbeitskopie des Benutzers entfernen.
AFAIU haben Sie bereits geprüft svn log
und VisualSVN Server-Protokolle. Wenn der Protokolleintrag angibt, dass die Datei aus einer Arbeitskopie gelöscht wurde und die Löschung festgeschrieben wurde, ist dies tatsächlich der Fall und der Benutzer hat diese Änderungen übernommen.
Eine clientseitige Protokollierung sollte Ihnen dabei helfen, dieses Verhalten zu untersuchen. Sie können beispielsweise das clientseitige TortoiseSVN-Hookskript vor dem Festschreiben festlegen, um zu protokollieren, welche Dateien bei jedem Feststellungsversuch festgeschrieben werden sollen.