Ich bin nicht sicher, ob Ihre PDFs mehrseitig sind. Wenn Sie PDFTK oder pdfSAM verwenden, um sie in einseitige PDFs zu unterteilen, verwenden Sie The Gimp, um die Bilder manuell zu drehen.
Die andere Sache, die Sie verwenden könnten, ist die Verwendung eines Werkzeugs wie ImageMagick, um die Rotation zu automatisieren, aber Sie müssten wahrscheinlich die normalen, CW- und CCW-Bilder in verschiedene Ordner aufteilen.