Das Standard-SSH / SFTP-Protokoll verwendet keine Zertifikate. Nur ein einfaches Schlüsselpaar.
In OpenSSH gibt es eine proprietäre Implementierung, die die Verwendung von Zertifikaten ermöglicht:
https://cvsweb.openbsd.org/cgi-bin/cvsweb/src/usr.bin/ssh/PROTOCOL.certkeys?annotate=HEAD
Dies wird jedoch nur vom OpenSSH-Toolset (Client und Server) implementiert.
WinSCP, FileZilla oder PuTTY (und andere) unterstützen diese proprietäre Authentifizierungsmethode nicht.
Ihr Server scheint jedoch nicht OpenSSH zu sein. Daher kann die Information, dass Sie ein Zertifikat besitzen, tatsächlich falsch sein.