Die Lösung war am Ende ziemlich einfach, aber absolut nicht intuitiv.
Beim Öffnen des Repository-Managers in Version 6.1 erhielt ich eine Fehlermeldung, dass meine Datei repositories.xml beschädigt ist.
Das Öffnen in einem anständigen Editor (Sublime Text) und das Speichern mit utf-8-Codierung hat geholfen. Nach dem erneuten Starten von Spoon ist das Repository-Dropdown-Menü wieder vorhanden und ich kann eine Verbindung zu meinen Repos herstellen.
Es ist immer noch ein Fehler, da, sobald der Repository-Manager in repositories.xml schreibt, die Datei beschädigt wird.