Ich bin in ziemlich genau derselben Position (ein Google-Konto für Analytics und Webmaster-Tools und ein anderes für meine persönlichen Google Apps). Leider kann ich nur die Verwendung eines anderen Browsers für eine der Aufgaben vorschlagen. Ich verwende Chrome für mein reguläres Browsen und öffnete IE, wenn ich unter meinem anderen Konto auf Analytics zugreifen muss. Es ist nicht ideal, aber es ist nicht zu umständlich und ich muss mich nicht ständig an- und abmelden, daher ist es zeitlich sinnvoll.
Ich hoffe, dass Google die Verbesserungen fortsetzt, die sie mit ihrer Multi-Account-Funktion begonnen haben, und dies auf alle ihre Apps ausdehnt, damit alles einfach ein bisschen besser funktioniert!