Ich weiß nicht, ob es dir helfen wird, aber ich hatte selbst dieses Problem. Alles, was ich tat, war, in Visual Studio Extras -> Optionen -> Quellcodeverwaltung -> Plug-In-Auswahl zu öffnen und von Microsoft Git Provider zu Visual Studio Team Foundation Server zu wechseln. Klicken Sie auf OK und wechseln Sie dann zurück zu Microsoft Git Provider.
Die Nachricht ging danach weg und ich sehe jetzt die kleinen "Sperren" wieder im Source Explorer (für unveränderte Dateien).