Der absolut sicherste Weg ist wahrscheinlich, eine Maschine zu bekommen, auf der Sie die interne Festplatte trennen und von einer Linux-Live-DVD booten können. Booten Sie nicht von USB, verwenden Sie eine DVD.
Auf diese Weise können Sie das Infektionsrisiko verringern und durch das Starten eines schreibgeschützten Mediums, von dem Sie wissen, dass Ihr Formatierungs-Betriebssystem nicht manipuliert werden kann. Es kann vorübergehend geändert werden, aber beim Neustart erhalten Sie immer einen sauberen Neustart.
In diesem Live-Betriebssystem sollten Sie dann Standard-Linux-Formatierungstools verwenden können. Abhängig von der Linux-Variante können Sie auch das automatische Einhängen des USB deaktivieren und das Gerät direkt formatieren, ohne sich die Dateien anzusehen.
Dies setzt natürlich nur "normale" Malware voraus. Es besteht die Möglichkeit, dass Malware gezielt die USB-Gerätefirmware umschreibt, und die einzige garantierte Möglichkeit zum Reinigen besteht dann wahrscheinlich in einem Hochtemperaturofen. Ich würde erwarten, dass Malware dieser Art selten und extrem zielgerichtet ist, da sie ein bestimmtes Gerät angreifen müsste.