Hier ist ein Powershell-Befehl, der alle Ihre Dateien (in einem bestimmten Verzeichnis) hashiert und das Ergebnis in eine CSV-Datei ausgibt.
Get-FileHash -Algorithm MD5 -Path (Get-ChildItem "\\Path\to\files\*.*" -Recurse) | Export-Csv C:\Temp\hashes.csv
Danach können Sie die CSV-Datei in Excel öffnen und die Duplikate entfernen.
Beachten Sie, dass das Cmdlet "Get-FileHash" nur in Powershell Version 4 oder höher verfügbar ist.