Ok, beim Debuggen habe ich die Funktion einfach unkompliziert umwickelt und sie hat angefangen zu arbeiten. Wahrscheinlich übergibt der Timer die Funktion in Argumenten etwas komisch oder die Schließung war nicht richtig. In jedem Fall. :)
(defun progo-run-agenda-store () "" (message "Agenda to be exported... ") (org-batch-store-agenda-views) (message "Agenda exported!")) (run-at-time 5 5 'progo-run-agenda-store)