Nicht bei ecryptfs AFAIK.
Wenn Sie jedoch einen LUKS-Container verwenden, können Sie ein komprimierendes Dateisystem wie btrfs oder zfs verwenden.
Der Nachteil ist, dass LUKS zuerst einen Container mit fester Größe (Datei / Partition) benötigt. Wenn Sie also den Speicherplatz vorher kennen, kann dies insgesamt Platz sparen.
Ich habe über Methoden zum Abrufen einer variablen Größe oder über das Erweitern der LUKS-Datei mit Festplattencontainerdateien der virtuellen Maschine gelesen.