Wahrscheinlich ziehe ich aus dem doppelten Verhalten die falsche Schlussfolgerung: Es ist nicht so klar, dass die Filterkombination von Thunderbird / Gmail das Problem verursacht. Möglicherweise handelt es sich nur um ein Problem mit Google Mail-Filtern.
Mir wurde klar, dass Duplikate auch dann erstellt werden, wenn Thunderbird nicht läuft. Ich habe dann das Kästchen angehakt Skip the inbox (Archive it)
und das Problem gelöst: